Kaišiadorių BFT savininko teises ir pareigas įgyvendinančios institucijos: Kaišiadorių rajono savivaldybės meras ir Kaišiadorių rajono savivaldybės taryba. Savininko teises ir pareigas įgyvendina Kaišiadorių rajono savivaldybės meras, išskyrus tas biudžetinės įstaigos savininko teises ir pareigas, kurios yra priskirtos išimtinei ir paprastajai Kaišiadorių rajono savivaldybės tarybos kompetencijai (jeigu paprastosios Kaišiadorių rajono savivaldybės tarybos kompetencijos įgyvendinimo Kaišiadorių rajono savivaldybės taryba nėra perdavusi Kaišiadorių rajono savivaldybės merui).